巨大文明產業崩解後的一千年,大地表被一片蟲類的甲殻所覆蓋。海洋腐敗,「腐海」散發瘴氣的菌類森林不斷漫延,威脅人類已經衰退的生存空間。某天,多魯美奇亞的軍隊入侵,妄想消滅這片「腐海」。為了守護「風之谷」這塊從小生長的地方,娜烏西卡挺身而出……