明清內閣大庫檔案及文籍,據羅振玉刊印的《內閣大庫檔冊》,共編為禮樂射御書數六號。前四號全為檔案,從時代上可分為三類:(一)清檔:為清代入關以後的一切案卷、圖冊、碑記、試卷等;(二)盛京舊檔:為後金天聰崇德間的文件,清初由盛京移來;(三)明檔:為清初徵集的天啟崇禛朝的檔案,及舊存的實錄、誥敕等。檔案之外,書字庫所藏為各省府縣志、賦役書、命書及硃批諭旨等。數字庫所藏為明文淵閣舊藏諸書,及清代《鄉試錄》、試卷、《八旗通志》等。
本編所刊,尤其是一至六凡六本,都是整理初期隨時檢出之件,而傅斯年所長「以為值得流通於世間者」,所以不待整理完功,即分期刊行之。(1)第一本為明稿邊情賊情三十一件,瀋陽舊檔二十三件,順治年章奏三十四件,自元年六月至二年正月。(2)第二本至第五本,包括順治年章奏,自二年二月至十八年七月,內用兵事件實佔多數,如鄭成功、李定國等史料。(3)第六本:順治年章奏,二年十月至十七年二月,內洪承疇章奏四十八件。(4)第七本:朝鮮史料。(5)第八本至第十本:明季邊情。