武士階層掌握中央及地方實權的幕府時代長達近七百年。
一一九二年，源賴朝從朝廷取得征夷大將軍稱號，武士貴族專權自此始。日本正式進入了武士階層掌握政權的幕府政治時期。在這個時期內，以天皇為首的貴族政權的朝廷仍舊在京都存在著，以將軍為首的武士政權——幕府與朝廷同時並存，將軍名義上由天皇任命，實際上卻是掌握實權的最高統治者。

室町幕府：南北兩朝的統一
足利尊氏不滿後醍醐天皇輕視武士利益的政策，起兵反叛，一三三六年攻佔京都，立光明天皇為傀儡。在京都開設幕府。同年十二月，後醍醐天皇逃往京都以南的吉野，自稱正統，形成南北兩個朝廷的對立。至第三代將軍足利義滿時，幕府達到全盛，一三九二年合併南北朝，朝廷名存實亡。這時幕府機構進一步完善：將軍下設管領，總轄幕政，輔佐將軍，其下設侍所司警衛、政所司財政、問注司文書、評定眾和引付方司訴訟。室町幕府實際是以將軍為中心和強大守護大名的聯合政權。

統治各「國」的守護大名，擁有領地、武士和家臣，具有強烈的地方割據性質。到了第八代將軍足利義政時，爆發了統治階層的大規模內亂，幕府已無能力去控制擁兵自重的大名，導致日本步入長達一個半世紀的戰國時代。地方領主與武士則趁機發展勢力，彼此混戰。農民的反抗也更加激烈。
至十六世紀中葉、一些地方領主與武士已經發展成為控制一方的戰國大名，他們在領國內把地方領主組織為自己的家臣，積極發展工商業，積蓄經濟力量，頒布法令，直接統治農民，形成割據勢力，而幕府的控制範圍僅限於近畿一帶。一五六八年織田信長進入京都，一五七三年滅亡室町幕府。

作者簡介：

陳杰，一九八三年生於杭州，從小學時代起就對歷史書沉迷不已，在港城寧波讀大學的時代染上了玩電腦遊戲的「陋習」，因而對日本史產生了濃厚的興趣，於是不惜到處蒐借、購求日本史相關書籍，以充實「欲望」，甚至於浙江大學畢業之際，碩士論文亦著眼於中日交流史。現供職於杭州某博物館研究部雖自識淺陋，但不腆大膽，閒暇時常著筆東瀛史實，以此為樂。