《京都大火篇》於幕末留下「最強」傳說的男子‧緋村劍心。過去的他，曾是人人聞之色變的「千人斬拔刀齋」；而迎接新時代來臨後，他與志同道合的夥伴們，過著平靜安穩的日子。此時，明治新政府委託劍心，內容是要求他討伐以劍心後繼者身分擔任「千人斬拔刀齋」、現在企圖征服日本的志志雄真實──！
