蓮池大師的佛學思想，主要在於融合各宗同歸淨土。在他的《普勸念佛往生淨土》一文中說的：「若人持律，律是佛制，正好念佛；若人看經，經是佛說，正好念佛；若人參禪，禪是佛心，正好念佛；若人悟道，道須佛證，正好念佛。」（見《雲棲遺稿》卷三）可以體現這一理念。其思想的歸趣雖說在於淨土，但對於華嚴與禪宗也頗有造詣。
