中國的幾千年的封建制度在明清時期已漸趨衰落：明朝廠衛制度的確立、清朝軍機處的建立和文字獄的興起，表明了這一時期的中央集權已達到了登峰造極的地步；明朝中後期江南資本主義生產關係萌芽的出現，則使中國自古以來自給自足的小農經濟面臨著一定的衝擊。
封建統治者對人們思想上的壓制，一方面把一部份學者逼進了故紙堆，他們雖身處逆境，但仍治學不輟，結出了清朝獨自的學術成果──考據學；另一方面，高度的中央集權也促使一部份知識份子更多地思考現實問題，從而萌發了帶有民主色彩的啟蒙思想，其中的代表人物有思想家李贄、清初三儒──黃宗羲、顧炎武、黃宗羲和小說家施耐庵、蒲松齡、曹雪芹。
明清時期社會出現的重大變革，也使這一時期的科學技術出現了新的形勢，集中國古代科學之大成的著述《本草綱目》、《天公開物》、《農政全書》接連問世，更出現了《徐霞客遊記》這樣的地貌學與溶岩學方面的科學著作。