經由本研究之探討，未來國內商港之發展目標為：(1)配合國際港埠發展，建立國內航運網路，紓解內陸交通擁擠(2)進行港際整合，促進離島海運發展，有效利用港埠資源(3)配合觀光發展，提供親水空間，發展海上休憩遊樂(4)拓展國內海運市場，健全海運經營管理。同時國內商港貨運方面應以作為國際港之支線運輸，客運方面，應有效規劃利用客運與觀光旅遊結合發展，而基於地理環境特性及整合離島地區各港埠設施發展，離島地區以港群方式發展國內商港，將可收相輔相成之效。至於無商港可供利用之離島地區，可利用漁港兼容客貨碼頭。
