在現今的日本，竟然還有忍者存在！自古以來在歷史中扮演幕後黑手的忍者，竟然有一部分使用其超乎常人的能力，在外為非作歹。憂慮事態日趨嚴重的政府，於是訂定名為「特區法」的法規，集結正義的忍者，在警局內設立了對抗惡忍的正義組織。而所謂的特別區域機動隊，簡稱為「特區隊」，其隊員日鳥、千庭、縫，為了保護這座城市，將繼續展開忍者對忍者的激烈戰爭！
