舞台是大財閥八代集團所引以為傲的豪華郵輪-阿芙洛蒂號。科南等人接受了園子的邀約,參加了這艘船值得紀念的處女航。可是,在船內卻發生了殺人事件,八代集團的會長也行蹤不明!為了此事件,科南、警視廳搜查一課,甚至連小五郎都獨自展開了搜查,但是…以太平洋為舞台的大規模推理戰,就此展開!