晚近新公共管理(New Public Management, NPM)的趨勢強調治理(governance)，除了引進企業精神與經營手法，建立所謂「企業型政府」之外，近年來更因政府再造與業務委外，而重視「課責」(accountability)的措施，以確保公部門各項服務品質。此一趨勢下如何建立政府績效指標，提昇政府施政績效，便成為重要課題。行政機關必須在兼顧外部顧客與內部顧客，達成績效管理的要求，其重點工作當在於引用策略管理的觀念，擬訂組織策略目標，並在機關內部引導人員的工作表現，朝向策略目標的達成而努力。因此，本研究在於經由衛生署策略目標的建構，進而探討其內部人員職掌的關聯性，從而建立所謂「策略績效管理」的觀念與制度。本文篩選適用衛生署之策略目指標計108項，並以內容效度係數計算各指標與衛生署各部門的工作關聯性，顯示各項指標須跨部門合作的項目，計有四十四個。專家意見顯示，醫政處的業務以一科、二科、三科及五科的業務，與衛生署的策略較具關聯性。因此對衛生署策略績效而言，其為較具高度參與必要性的單位。從另一角度來看，四科、六科及七科的職掌可能偏重長期、基礎及例行的工作，急迫性與時效性較低。以「重要程度」與「困難程度」乘積之和為分母，以乘積為分子，可逐步計算醫政處各科內部職掌，佔該科工作的權重；再合併七個科的資料，可計算各科主要職掌，佔全處的權重。此一方法，可作為設定工作重點的依據，並進而作為考核單位績效時的配分基準。本文研究成果或可作為衛生署績效指標建立之初步參考架構。其後再建立各層級部門的「績效回饋機制」，修改不合時宜或不符策略目標的指標。更進而以此經驗適用其他行政機關。