因未來人引發了時間戰爭，導致日本被瓜分為群雄割據的島國。一○年後的大正二十二年，搭乘調查船的正一也跟著被捲入和鎧甲水軍、土偶軍團、巨人國間的戰爭。在這場新的時間戰爭中，正一終於和握有終結戰爭關鍵的少女見面了！！
