本書共61單元867問答，綜合論訹硝化細菌的現代生態學知識，從硝化細菌的定義、分佈、功能、分類、鑑定、生長、營養、培養、保存等基本問題，談到硝化細菌的生境條件和其適應逆境的方法，進而揭露它與水產養殖的關係，最後論述它的應用，包括養水先養菌、生物淨化法、硝化細菌製劑、循環水養殖、硝化系統等，此外，也一併談及其他淨水細菌，如光合細菌的相關問題，並比較它們與硝化細菌在水產養殖中的應用有何不同。
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