在2004年從嘉義地區豬隻分離出新型豬流感病毒之前，台灣豬流感一直以H1N1及H3N2為流行病毒株，由豬隻血清回溯檢測結果顯示新型豬流感病毒感染台灣豬隻已近7年。本研究目的在調查養豬場勞工有無暴露到新型豬流感H1N2及H3N1病毒，並研究感染初期的分子監測的可能性。養豬場勞工血清中抗豬流感病毒抗體陽性率，曾於1999年以豬場分得之H1N1豬流感型病毒進行調查，結果顯示陽性率與豬隻症狀有顯著相關。在2006年，以豬流感病毒H1N1及H1N1PR8兩品系建立病毒學之細胞株研究方法，結果顯示感染人類呼吸道細胞株A549與BEAS-2B後，細胞蛋白體會因病毒感染而變化。為便於與歐美等國家同類新型豬流感病毒比較，本研究先以台灣新型豬流感病毒 H1N2 (46-4)及H3N1 (103-11)確認基因序列。分別選殖上述兩病毒株之H1、H3和N1、N2全長基因，進行氨基酸序列比較，結果顯示與台灣2004年分離的豬流感病毒相似度最高。另外，選殖其非結構蛋白1 (Non- Structural Protein 1, NS1)基因，與其他流感病毒型基因序列比對，顯示兩本土株之NS1基因與Iowa strains 相似度分別為97%及 99%；但與人流感病毒和禽流感病毒則分別有10% 至 17% 的不同。因此推論台灣新型豬流感病毒的基因演化具區域獨立性。本研究並以台灣本土上述兩株新組合型豬流感之病毒粒(virion) 免疫兔子三個月，以免疫螢光法等測試結果達到1：2000之血清抗體效價。此外，進一步以自行選殖之NS1基因傳染人類呼吸道細胞A549和BEAS-2B細胞株，用免疫沉澱法，篩檢到NS1感染相關蛋白質，胺基酸序列以質譜分析鑑定，作為與流感病毒感染初期反應有關之指標參考。以上述兩株病毒接種雞胚進行大量培養，病毒微粒進行養豬場勞工抗體測試。於2008年8-10月收集台灣五處畜殖相關工作場所221位勞工檢體，完成新型流感檢測，並進行暴露危害調查。總共完成168位暴露勞工及53位非暴露勞工之問卷訪視及新型流感檢測。問卷統計結果發現，曾有A型流感特徵之劇烈頭痛顫慄全身疼痛症狀勞工共約28%，暴露組顯著超過非暴露組。H1N2及H3N1抗體陽性反應率與接觸豬隻有症狀百分率呈顯著之場間差異。陽性率在暴露組與非暴露組以H1N2達顯著群間差異。豬隻血清抗體檢測結果顯示，抗豬流感 H1N2陽性率五個場九次 (100%) 採檢均出現抗體陽性豬隻，而豬隻陽性率則達28.3%；對豬流感H3N1則五場中只有一場出現抗體陽性豬隻，二病毒株血清檢測結果總計場次陽性率為22.2%，豬隻陽性率為6.0%。本研究結果顯示養豬場勞工會暴露於新型流感病毒，但未發現感染人員；豬隻的狀況亦相同。若持續研究，可解明跨種感染的疑慮。