本書雖以焦竑一人的思想為焦點，但絕非一般意義下的思想傳記
而將焦竑思想作為明中葉以來新儒思想內部演變的縮影
突顯中國近代思想史自晚明至於前清的發展特色與重大轉折
而將焦竑思想作為明中葉以來新儒思想內部演變的縮影
突顯中國近代思想史自晚明至於前清的發展特色與重大轉折
全書透過對於焦竑思想的系統性以及其在晚明與清代初期思想脈絡中的「時空性」（placedness）之分析來探討傳統中國近世思想史上的三大問題：一、晚明新儒學者內部「三教合一」運動的獨特性；二、程朱與陸王之爭所扮演的歷史角色；三、清代初期「漢學」的「論述意義」（discursive significance）。這三大問題息息相關，所顯示的是新儒內部思想的「重構」（restructuring）。
這種「重構」涉及一系列的相應變化──在形上學與宇宙論方面有日本學者山下龍二所說的理氣一元的「気の哲学」的出現，在本體論上有心性二元的瓦解，在知識與修身論上有人心、道心二心說的崩潰，在語言觀上則因對於名實之間關係的反思而產生一種與釋道兩家以及古典儒家都不相同的「神祕懷疑論」。