清帝國以大軍屈服了鄭式在台灣的勢力之後並不積極要把台灣納入版圖。對清朝政府來說，重要是消滅了一個反抗勢力，但是對於要將一海之隔，而且同為紅毛、倭寇、海盜所窩站的台灣納入統治，卻相當消極。所以多數朝廷官員主張遷民墟地，將以來到台灣的華人遣回大陸。

　　但是施琅卻不同意這種看法。施琅出身閩南，早年也是出洋下海通販之徒，他深知閩南人必定千方百計向外謀求發展，而台灣具有各種優越條件，必定會是大家趨之若鶩的目標；而且如果不將台灣納入版圖，西洋各國也將會佔據台灣以招徠華人到此貿易，那麼台灣也將成為中國東南沿海的隱憂：所以積極主張應將台灣收入版圖。最後清朝政府終於採納施琅的看法，將台灣納入版圖，設台灣府，置於福建省之下。

　　清帝國雖然將台灣納入版圖，但政府最關心的是不讓台灣仍為「逋逃的淵藪」，反政府的巢穴，所以在制度上設了很多防範措施。首先，在台灣「編查流寓」，進行戶口登陸，而且將無家室、田產者遣返大陸；自大陸來台也必須申請渡行許可，透過這種出入境管理篩檢危險分子：即使被允許來台灣，也不許攜家帶眷，這種規定具有使家眷寮在大陸當人質的意味。

　　清朝政府雖然頒布了嚴格的渡海禁令、封山政策。然而台灣的良好農業條件，依然吸引福建、廣東一帶的居民不惜偷渡也要來台開墾。

　　台灣是否真像傳言的「台灣錢，淹腳目」？既然如此為什麼又說「唐山過台灣，心肝結歸丸」呢？而華人移墾，對於原住民又帶來什麼樣的衝擊？

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