抗戰期間日軍使用化學武器，國民政府被迫應對。一條戰線中清華化學系高材生方恩首等「三劍客」，受命組成秘密試驗小組，在香港、馬尼拉進行試驗；另一條戰線由國民政府特工、臺灣籍帝大畢業生藤野，在日軍秘密實驗室提供情報。他們為此犧牲、流亡、家破人亡，在戰後卻被遺忘、遭迫害。化學兵不惜犧牲個人幸福和生命，譜寫了悲情的樂章。
