不知從何時開始，鹿丸不再把「真麻煩」這句話掛在嘴邊了…？忍界大戰結束後過了兩年，鹿丸成為了木葉的重要人物，每天都過得很匆忙。某一天，他收到一件消息，得知各地都有大量忍者失蹤，甚至連祭也失蹤了。那些失蹤的忍者，都前往了神秘的帝國「默之國」…… 身為一個忍者、身為一個大人，鹿丸為了保護自己肩膀上所承擔的事物，他將與新時代的陰影戰鬥。
