『M班』只差一步就能夠打倒阿比蓋兒，
但卻因為出現應該是幕後黑手的全新魔法少女而錯失良機。
在兒時夢想和現實之間掙扎動搖的明日香，
終於決定要加入『M班』！
另一方面，身為「傳說五人」的米雅和塔瑪菈，
也為了執行各自的任務而來到日本。
由神秘魔法少女
率領的『巴別旅團』組織，
以及四散各地的「傳說五人」，
以日本為舞台開始行動──！
但卻因為出現應該是幕後黑手的全新魔法少女而錯失良機。
在兒時夢想和現實之間掙扎動搖的明日香，
終於決定要加入『M班』！
另一方面，身為「傳說五人」的米雅和塔瑪菈，
也為了執行各自的任務而來到日本。
由神秘魔法少女
率領的『巴別旅團』組織，
以及四散各地的「傳說五人」，
以日本為舞台開始行動──！