本書的結構及論述的脈絡，思想的進程符合正反合的辯證發展規律。全書共分八章闡述，除了第一章導言、第八章結論之外，中間六章分為三部分，內容是思想自由與其反對勢力相互爭持的過程，起初是從希臘、羅馬的理性自由時代，進入到中世紀受神學禁錮的理性入獄時代，其後經文藝復興、宗教改革，步入近代，科學及哲學繼起發皇，理性逐步得到解放、發展、進步的過程。
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