在迎來新時代的日本，由飛電Intelligence開發的AI機械人「Humagear」，已經完全融入人類的生活之中。但好景不常，企圖消滅人類的神秘恐怖份子「滅亡迅雷.net」出現，令Humagear失控事件、襲擊人類的事故頻繁發生。 從去世的祖父手上繼承地位，臨危受命成為飛電Intelligence第二任社長的飛電或人，變身成為幪面超人ZERO-ONE。為了守護人類與Humagear共存的世界，決心與滅亡迅雷.net周旋！
