「古德講經，喜用科判，將經文詳細分大綱章節細目，使各段經文含義，目之了然。有了科判，使究經者，對經文字句易解。
《法華經》有多種版本，唯獨經過蕅益大師科判這一本版本，盛行流通，普遍令人喜讀。然《法華經》之科判非蕅益大師獨創，古之講《法華經》者，有光宅法雲、天台智者、嘉祥吉藏、窺基大師等人，都用科判辨析經文。湛然尊者還以科表方式將天台三大部分科判文，非常細微。
而蕅益大師特別熟透天台大師的三大部釋文。依之消化刪減，如其將二十卷《法華玄義》節要成上下二卷《妙法蓮華經玄義節要》，另有『妙法蓮華經綸貫』一文，依據天台五時八教釋義《法華》稱妙之所以。以上所舉諸師詮釋經文科判，推得蕅益大師對《法華經》的詳細科判，是依據《法華文句》與《法華文句記》二書的分類判文方法。再詳加己之體解以細目章節分類，寫在《法華》經文上方空白處，以及經文行間空隙處。
至其內容，大略依據文句分通、別迹本二門的大綱。自〈序品〉放光處至〈安樂行品〉，為迹門『開權顯實』。自〈從地涌出品〉至〈分別功德品〉為本門『開近顯遠』。〈隨喜品〉至〈常不輕菩薩品〉為流通段。自〈如來神力品〉至〈普賢菩薩勸發品〉，是總的流通本迹二門。
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迹門所說是菩提伽耶樹下成道的近代釋迦文佛，本門表明的是久遠成道的釋迦文佛。表示佛法慧命的代代傳承，永續流芳。」——台南湛然寺 雲庵師父