小小的名偵探江戶川柯南的真實身份是高中生名偵探—工藤新一。
他一邊追蹤給自己灌入AP TX463、讓自己變小的黑衣組織的線索，一邊解決著無數的困難事件。
可是，一起追蹤黑組織的FBI調查員赤井秀一卻倒在了CIA特派員水無憐奈的子彈下，現在只有柯南一個人繼續在追蹤。
他一邊追蹤給自己灌入AP TX463、讓自己變小的黑衣組織的線索，一邊解決著無數的困難事件。
可是，一起追蹤黑組織的FBI調查員赤井秀一卻倒在了CIA特派員水無憐奈的子彈下，現在只有柯南一個人繼續在追蹤。