春日的一個周日，六年級男生天野勇一在神社附近的空地上打棒球，他遇到了能讓棒球憑空消失的魔法博士。自此以後，奇怪的事情接連不斷地發生：勇一家的兔子的頭忽然消失了！只剩下一副軀體留在空中；勇一目睹了紅桃皇后從撲克牌中走出；最後，勇一自己也消失在魔法博士的舞台上！少年偵探團接到委託，前來破案，小林芳雄竟也被綁架。魔法博士還想將黑手伸向明智偵探，他的真面目到底是誰？孩子們能否破解一系列失蹤案，解救被困的夥伴？
