進入明治時代之後，文明開化的浪潮勢不可擋， 不過日本仍有許多迷信、軼聞、奇談流傳各地… 以科學的角度研究並且否定妖怪， 最後被世人稱為妖怪博士的哲學家‧東日流六平太， 他與真心相信妖怪存在的助手‧泊賴武攜手合作， 為了破除迷信，前往挑戰各地發生的超自然現象!!
