西方的哲學與神學具有親近的關係是眾所周知的，這表現在遠古的希臘哲學，更不必說中世紀哲學。即使在文藝復興以後，漸為流行的自然科學亦與神學之間長期以來呈現著時或親近時或疏遠的關係。牛頓與萊布尼茲兩個思想傳統曾爭執著數個世紀：究竟上帝充塞於現實界直接地支配世界，還是猶如鐘錶匠一般已預先調好了發條，讓著世界按照其旨意，間接地受其支配而運行。而牛頓思想傳統終於取得引領地位數十年，卻激起更徹底之反對勢力的抬頭，以至於上帝漸漸遠離自然科學哲學的基礎地位。
