以明末清初理學文本與話語為主要研究對象，
試圖重探明清之際思想轉型的重大議題。
從儒者的生死觀、工夫論、舜的聖人形象、孝行與家禮、
夫婦之倫、人性論等主題，
分析明清之際儒學如何在歷史發展及反思中自我修正與轉化，
建構一個能兼顧個人道德修養與家庭社群人倫，能對治晚明學風之弊，
並在日用人倫中重建社會秩序的思想體系。

呂妙芬新作《成聖與家庭人倫：宗教對話脈絡下的明清之際儒學》鎖定明清之際（以十七世紀為主）的理學為主要研究範圍，試圖以更豐富而新穎的史料、新的研究議題與視角，來探討明清之際儒學的發展與轉型，也試圖回應一些過去學者提出的看法。

呂妙芬在本書裡認為理學的信念在清代仍是支持政治與社會的價值體系，理學的議題也仍是士人關心的問題，清代理學思想與話語也不盡然因襲舊說，而有其推陳出新之處，只是這方面較未被充分探討認知。

《成聖與家庭人倫》一書也強調當時儒學是在高度宗教對話的語境中發言，調整自我義理內涵，書中亦論及儒學宗教化與庶民化的現象，及對過去啓蒙論述的反思。

本書共分三部，第一部「成聖、不朽、家庭人倫」包含三章，主要探討明清之際儒學發展的延續與變化，並標出「成聖」與「家庭人倫」為核心議題。第一章〈生死觀的新發展〉探討明清之際理學話語中，是否出現類似個體靈魂的概念？是否有關於死後想像的論述？第二章〈儒門聖賢皆孝子〉延續了上一章的討論，主要根據的文本也相近，焦點則轉到清初儒學與晚明儒學的差異。第三章〈聖人處兄弟之變〉考察明清士人對於《孟子》記載舜、象兄弟故事的不同詮釋，說明士人對於舜的詮釋反映了他們對儒學理想與聖人形象的思索。

第二部「血脈與道脈的雙重認同」包含兩章，內容則離開思想觀念的分析，轉而探討萬里尋親、居家拜聖賢兩種實踐行為，藉此說明家族血脈與儒學道脈在儒家士人心目中具有同等重要的地位。第四章選擇與宗族文化密切相關的萬里尋親孝行為主題，支持此類孝行的理念正是儒家的孝道思想，以及「家」作為永恆歸屬的觀念。第五章討論明清士人在家拜聖賢的禮儀實踐。明清時期祭拜儒家聖賢之禮，除了在孔廟、鄉賢祠、學校和書院中，或在某些民間宗教的寺廟中舉行外，它也以一種堅持儒學正統、不與其他宗教混合的方式，走入士人家庭。

第三部「宗教對話語境下的儒學論述」共有兩章，分別討論夫婦之倫、人性論兩個主題。第六章探討儒學在夫婦之道的神聖性與戒淫之間的張力，以及因發言語境之差異所形成關於夫婦之倫的不同論述面向。第七章是針對明清氣學人性論的探討。結論部分則分別就「從晚明到清初學術思想的延續與創新」、「儒學的宗教關懷與庶民化傾向」、「再思17世紀儒學轉型在中國思想史上的意義」三方面，總結說明本書的主要論點。