《子午流注鍼經》是目前中醫學史上所知最早以干支時間為主的針灸專書，原書出自元代，但今日論及子午流注法多從明代楊繼洲《針灸大成》與徐鳳《針灸大全》之述；凡說子午流注法者，必言《黃帝內經》一書，以為此法來源；又言干支時辰、六十甲子之說，依時取穴等，諸多論述皆存在矛盾之處。《子午流注鍼經考釋》所提關於子午流注法諸多疑義處，皆就文獻、曆法及相關醫籍記載辯駁其矛盾處。
全書首先說明子午流注法非來自《黃帝內經》，但仍有受其影響。其次辯子午流注法非出自徐鳳《針灸大全》或楊繼洲《針灸大成》，作者也非兩位竇漢卿、何若愚、閻明廣或竇桂芳等人，極可能是身分未明的「賈氏」。再其次分別就五輸穴、五行、長夏、古今醫家解說和三種不同形式的子午流注法等方面逐一辯駁。最後總論各項說明，提出對於子午流注法兩種新的想法。書末附上元刊本《子午流注鍼經》校對。
