卜正民主編哈佛大學一套六本的《中華帝制史》（History of Imperial China）
由他本人執筆的《掙扎的帝國》可說是他最重要的元明研究著作
從氣候發展的觀點，看元明帝國的發展與興衰
蒙古人在一二七○年代席捲中國，改變了中國歷史的進程。這個一千五百多年來長期造就出的儒家帝國，如今在突然之間進入了異族統治階段。中國未來的模樣，在元朝於一二七九年一統天下之後，不再是從前的面貌。四個世紀之後，另一波來自塞外草原的入侵者取代了明朝，展開另外一段外族統治。《掙扎的帝國》探索中國在這兩次戲劇性的外族入侵之間，究竟發生了什麼事情。並以此為背景，呈現出中國第一個連貫的生態歷史，卜正民探討中國專制、社會複雜性和商業化，並特別關注中國朝代的成立和南海經濟。