十五世紀中葉，瘟疫橫行、異端氾濫的黑暗時代已近尾聲，年輕的神學僧尼古拉，一個極端虔誠的聖道明教士，他為了調和異端，出發尋求傳說中關於占星術、魔術和煉金術的古老抄本。
途中，他結識了神秘的煉金術師。煉金術在當權教會眼中，是對造物者的僭越與褻瀆，是魔鬼的藝術。因此尼古拉與煉金術師的交往，也就顯得弔詭窒礙。同時，尼古拉暫住的村子裡，正流傳著女巫的傳說，村人們沸沸揚揚地搜捕可疑之人，一場背叛與屠戮即將展開……
《日蝕》以古寫今，十分曲折地觸及了日本社會的困惑與傷口，芥川賞評審委員認為它「雖描述古代的歐洲，但卻能夠得到現代人的理解與共鳴」，其中日野啟三、池澤夏樹盛讚《日蝕》是「超乎二十三歲，活用正確知識，立意甚佳的觀念性作品，擴展了日本小說的地平線。」作者更被譽為三島由紀夫再世，是不容忽視的新世代日本文學。