A.D.2012──為了藏匿即將被處分的少女型擬真機器人「二號機」，「佐原」搭上往北海道的渡輪，港邊還能看見「天本」送走「二號機」的身影……。 A.D.2501──前來搜索「心系統」的「乙（連）」雖然找到了「二號機（凜）」，卻因敵人的攻擊而失去意識。之後，有個男人發現埋在瓦礫裡、傷痕累累的乙，朝他伸出了手……。
