在幾千年前，繁榮富裕的亞特蘭提斯帝國突然之間消失了，他們的城市遭遇到空前的危機！保護這座城市的神祕魔幻水晶，必需要一位出身高貴的人，才能化解這場浩劫，這時水晶的光芒便選擇降臨在皇后身上，皇后因此被帶走了。從此以後，小公主永遠失去了她的母親，而最後整座城市沈入了海底。
西元1914年，在市立博物館內，有一個名叫邁羅的年輕夢想家希望能像他祖父一樣，成為一位很偉大的探險家。而他一直很想說服博物館的理事會能出錢組織探險隊去尋找亞特蘭提斯。可是當時並沒有人在意他所說的話，直到有一天，他被一個億萬富翁找來一起加入了探險隊，於是邁羅才和探險隊展開了一段奇妙又驚險的冒險之旅，最後神秘的亞特蘭提斯終於被他們找到，而且邁羅決定與他所愛的姬塔公主共渡一生。