在小智們直搗火箭隊總部西爾佛總公司的兩年後。其中一名四天王的成員冒名送出對小智的挑戰書,而不畏艱難奮勇前去赴約的小智竟然因此行蹤不明,只剩下拖著滿身是傷的皮卡丘回來。而帶著皮卡丘出發去尋找小智的小洛是否會遭到四天王的……