自稱為「世界上最不幸的美少女」的春風DoReMi，一直相信這世界上有魔女，並希望自己成為魔女後可以向喜歡的人（當時是五十嵐學長）表白。
有一天放學時，春風DoReMi經過一間名叫「新旗山莉卡魔法堂」的店舖。進入一探究竟時，碰巧拆穿了當時魔法堂的老闆－「魔女莉卡」具有魔女身份，而導致她變成魔女青蛙。由於只有正式的魔女才可讓魔女莉卡恢復原貌，為了幫助魔女莉卡回復原狀，DoReMi成為了魔女見習生，並要在魔女見習生9個級別（第9級至第1級）的考試中合格，從而取得魔女的象徵──自己的水晶球，才能成為正式魔女。期間，羽月、小愛與DoReMi的妹妹泡泡，因為先後知道DoReMi是魔女見習生，為了不讓DoReMi也變成魔女青蛙，因此也陸續成為魔女見習生。為了賺取使用魔力所需的魔法球，所以要時常在魔法堂幫忙。期間也慢慢的參加升級試。在升級試的途中，Doremi等人獲得了精靈陪伴。
後來，她們三人發現遺留人間的邪惡卡（當時由魔女保管，但是由魔法師老頭阿迪所偷走，因此遺落人間），此物會附在一些物品上，使其主人遇到災禍。魔女界女王命DoReMi三人為「聖潔使者」，並利用「聖潔電腦」和作為懲罰而被關在電腦中的老頭阿迪來偵查和去除遺留人間的邪惡卡。
之後，魔女莉卡因為和魔女萊拉賭博，而輸掉了魔法堂的經營權。後天娜轉賣其經營權給莉卡的勁敵－魔女露卡。DoReMi三人為了搶回經營權，使盡辦法，最後和露卡的魔法競賽中獲勝，奪回了魔法堂的經營權。
在第35話，偶像明星瀨川音符，以反派的身份轉學到美空小學，與DoReMi、羽月、小愛等人同班(3年2班)。其實音符也是位魔女見習生，而被她揭穿身份的魔女露卡也變成了魔女青蛙。而她也常用禁忌魔法（依照規定，魔法不能用來醫治疾病、起死回生、更改記憶以及改變他人思想，否則會受到懲罰，使用前兩者更會被魔法反噬），但因手執魔女露卡的護身符而得以避免懲罰。
最終，四個人都通過了一級魔女見習生考試，得到了水晶球，可以成為正式的魔女。但回到魔法堂時，卻被同班同學和其家長見到她們作為魔女的一面。最後音符為了保護其他人不被變成魔女青蛙，用魔法消除目擊者的記憶。最後雖然成功，但護身符終於因無法承受次數過多的禁忌魔法而碎裂，令音符遭到反噬，從而要沉睡百年。因此DoReMi等人最後使用禁忌魔法成功喚醒了音符，但作為懲罰，四人的魔女身份被褫奪，水晶球也被沒收，同時也要交還轉換器。