升上五年級後，被取消魔女資格的DoReMi等人，還是一直在魔法堂花店工作。另一方面，女王向12位元老院成員說明，儘管DoReMi等人的水晶球破碎了，但考量到她們的巨大貢獻，希望讓四人恢復為魔女身份。此事在元老院中發生激辯，雖然有魔女哈特等人的贊成，但仍有半數元老院魔女反對此提案。依照規定，女王可以在正反各佔半數時自行作出決定，但是避免爭議，女王決定以製作甜點並由這反對提案的六個元老院成員作為評核員，若全部合格，就可讓她們重新成為魔女，但要是有一人反對，女王自願放棄提案。
因為升上五年級，所以學校重新分班。DoReMi（在五年一班）因此和羽月、小愛及音符（在五年二班）等人分開，也因此多了許多新同學，和精采的故事。
女王再次召回四人，除了暫時恢復四人的魔女見習生身份外，並介紹也被暫時恢復了身份的新成員—由美國返回日本的日僑飛鳥桃子來協助DoReMi四人。桃子因為父親工作的關係，長年居於美國，因此雖然英文程度很好，但是日文卻很不熟悉。同時魔法堂也被再次改變成甜點屋。
當初桃子剛去美國時，因為外國人的身分，同時不諳英文，而交不到朋友。但是在遇到紐約魔法堂的老闆──魔女夢羅後，情形大為改善。魔女夢羅不但教導桃子製作糕點的技巧外，還教她英文，漸漸的，桃子也認識了許多好朋友。後來桃子不小心揭穿了魔女夢羅的身份令其變成魔女青蛙，為了恢復其本來面目，所以認真的學習魔法和參加考試。但就在一級考試通過，取得了魔女身份的那天，魔女夢羅卻因為年老體衰（1000歲以上）而撒手人寰。桃子想救回魔女夢羅，因此用了起死回生的禁忌魔法，但因魔力衝擊過強使水晶球碎裂，從而失敗告終，所以也失去了魔女的資格。唯一慶幸的是避免了成功後被魔法反噬而喪命的危險。魔女夢羅臨終留給小桃子一隻耳環當做紀念（桃子現在戴在耳朵上）。
後來桃子和DoReMi成為一班的同學。最後和大家相處後，桃子不但日文越說越好，而且還認識了不少班裡的朋友，嘗試了不少新的事物（如品嚐日本特色點心，劍道，挖番薯等），成為第三部時最活躍的角色。
因為魔女世界規定，小嬰兒一旦一歲後，就要強制離開母親的身邊，改進入魔女幼稚園，小花也不例外。DoReMi等人因為思念小花的緣故，在得到院長的同意後便偷偷跑去幼稚園偷看小花，卻因為不小心出聲，而引起小花思念母親的心情。最後小花在老頭阿迪的幫助下，偷跑回人類世界找媽媽，引起了混亂。而幼稚園園長就是第一位評核員，事件使她感受到Doremi等人對小花的感情，及小花與人類接觸後的進步。最後在妥協下，放寬限制讓Doremi們可以定期探望小花。
後半期，小花由於太思念DoReMi等人，結果有一次用魔法把睡夢中的DoReMi傳送到魔女界，使前前任女王驚覺小花有打開人間界與魔女界之門的能力，忌憚之下，對小花下了「討厭蔬菜」的詛咒，以期達到不吃蔬菜而減弱小花魔力的目的(前前任女王亦一度討厭吃蔬菜)。為了避免其他危險，小花再度送回給DoReMi五人在人類世界照顧。為了治好這個詛咒，期間五人要利用「夢幻食譜」，和她們的愛心，想辦法讓小花吃下蔬菜，進而協助小花解除詛咒（因為不吃蔬菜的關係，小花的魔力漸弱，頭上的水晶球也黯淡無光，但只要吃下一道蔬菜，就有一顆珠子會恢復顏色，而恢復魔力）。最後小花的詛咒被成功解除。前前任女王察覺後，利用桃子的回憶控制桃子，把小花帶到詛咒森林，DoReMi等人以及魔女界女王等人也進入詛咒森林營救小花，最後因為小花的純真，以及摯愛先夫的美味蛋糕「最心愛的道魯賓」(道魯賓為前前任女王的本名)把前前任女王怨氣化解，詛咒森林亦因此消失，變回了原來的樣子，前前任女王沉睡中的真身也顯現出來。DoReMi五人也在派蒂師考試(台譯：糕餅師測驗)中，取得6位反對提案元老院魔女的同意，而再度取得恢復魔女身份的資格。