雖然前兩任女王道魯賓已喚起在人類世界的回憶，真身顯露出來，但仍然被六條象徵悲傷回憶的荊棘所圍繞，因此仍繼續沈睡。
又回去魔女幼稚園的小花，為了和升上六年級的DoReMi等人一起上學，使用魔法把自己變成一位12歲女孩。但因為魔法衝擊大大導致她的水晶球無法承受而全數粉碎，不過也成功的到了人類世界，並轉學到美空小學六年一班，和DoReMi與小桃子同班。因為失去了原來的水晶球，為了讓小花再度成為魔女，因此就需要參加魔法升級考試，而DoReMi五人則繼續以魔女見習生身份從旁指導小花，如果小花通過一級考試，則她們同時也會正式恢復魔女身分。故女王鑿下了自己水晶球的一部分，分成5顆水晶球給DoReMi等人(但需要在小花取回魔女身份後才會變成水晶球)。小花因此住在人類世界，並化名為「新旗山花」，不過卻因為調皮的個性，常常濫用魔法，被DoReMi等人多次警告。同時魔法堂受到先前小花改變自己的魔法影響，被改變成手工藝品店。趁勢利用此機會，DoReMi等人要製紡織品，重現前前任女王送給她6個孫兒的禮物，從而喚起前前任女王在人間的美好回憶，進而消除六條荊棘，令沈睡中的前前任女王甦醒。
後半期，前兩任女王道魯賓沉浸在夢中的悲傷越來越強烈，荊棘突然侵向魔女世界，魔法師世界及人類世界，並發散令人哀傷和提不起勁的黑霧。同時小花也認識了魔女動物園的小白象寶寶，在DoReMi等人的幫助下，同時小花利用「手風琴」，讓寶寶來吸走附在人身上的哀傷黑霧（之後寶寶會排洩珍貴的寶珠，價值連城）。最後，6條荊棘成功被DoReMi等人解除，前前任女王也甦醒過來。之後前前任女王及全體魔女，用魔法成功把「魔女一旦被人類發現身份後，就變成魔女青蛙」的詛咒解除。
後來因為許多因素，DoReMi她們也明白了，她們的願望不用魔法一樣可以實現。六人仔細考慮之後，最後決定放棄成為魔女。六人最後把自己的水晶球合成一顆，作為給小花最後的禮物。同時女王也公開了自己在人類世界的身份……
隨著小學畢業，大家都各奔前程。DoReMi繼續升上美空中學；羽月為了當小提琴家，而升往卡蓮女子學院讀書；小愛因父母復合而返回大阪與家人同住；音符為了當專業演員而升往另一演藝中學就讀；小桃子因爸爸在日本完成工作，而返回紐約居住；小花則返回魔女世界，為了當稱職的下一任女王做努力，希望未來有一天能真正完全開放人類世界和魔女世界之間的橋樑。DoReMi因為受不了朋友紛紛離開的刺激，曾在畢業典禮躲在魔法堂不肯出來，但最後在同學們訴說對DoReMi的喜愛和小花要公開魔女身分的「威脅」下，最後打開了心結，和大家一起參加畢業典禮。最後DoReMi也能夠在不用魔法的協助下告白了。