新選組開始搜捕在池田屋逃過一劫的幕後黑手，長州的桂小五郎！不過，在進行的過程中與同樣追捕桂的京都見迴組產生衝突，就在此時，因為見迴組的錯誤情報，會津的士兵‧柴司用槍誤傷了土佐藩士……柴負起責任切腹。無法接受的歲三獨自前往見迴組的所在地…？另一方面，與新選組及會津有仇的長州，聚集兵力前往京都……之後，前所未聞的大動亂，禁門之變揭開了序幕！
