小智一行人來到了歷史悠久、世界最美麗的水都「奧多馬雷」參加神奇寶貝水上競賽。競賽中，「拉帝亞斯」對小智產生興趣，變身為卡儂將小智他們引導到秘密之庭園。不巧，美女怪盜「桑娜」與「莉安」捉走拉帝歐斯，並奪走心之水滴。水都奧多馬雷隱藏的封印因此被解開，眼看大海嘯即將席捲而來！小智、皮卡丘與拉帝亞斯和拉帝歐斯能否拯救這座都市脫離危機!?
