德川幕府三代將軍的承平治世,伊賀忍者的前任首領服部半藏雖然已是隱居之身,卻依然受命於將軍從事祕密任務。無主浪人的街頭暴行、黑心商人的作姦犯科、不肖大名的欺上瞞下、再加上蠢蠢欲動的基督教勢力,在這個暗潮洶湧的局勢之中,年紀輕輕的服部半藏該如何撥亂反正、維護江戶城的和平?