碇真嗣原本過著平凡的生活。
某一天，由於撿到了「核」，使得真嗣的日常生活起了極大的改變──
同班同學綾波零、?流．明日香．蘭格雷，以及轉學生渚薰──
面對接二連三出現在他們面前的「使徒」，真嗣的命運將會……!?
掀起話題的新感覺「學園福音戰士」終於開始!!
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