趁夏亞不在的期間,恩佐上校伺機發動了叛變。哈曼與強硬派投入的新型NT專用機,面臨了直接對決。夏亞能夠平安度過阿克西斯最大的危機嗎?本作連接初代鋼彈與《Z鋼彈》空白時期的作品,並以一年戰爭之後的夏亞為主角,牽引出他與日後在《Z鋼彈》中成為阿克西斯首腦的哈曼彼此之間的因緣。