『M班』只差一步就能夠打倒阿比蓋兒,但卻因為出現應該是幕後黑手的全新魔法少女而錯失良機。在兒時夢想和現實之間掙扎動搖的明日香,終於決定要加入『M班』!另一方面,身為「傳說五人」的米雅和塔瑪菈,也為了執行各自的任務而來到日本。由神秘魔法少女率領的『巴別旅團』組織,以及四散各地的「傳說五人」,以日本為舞台開始行動──!