「超人力霸王究竟是善是惡……」應該在紐約的玲奈出現在為此煩惱的進次郎面前。突然的來訪讓進次郎心猿意馬，玲奈卻似乎想找他商量某些事情……另一方面，外星人犯下的連續殺人事件發生。而這起事件，不只科特隊與警察，就連神秘的民間科學搜查機構也動起來了──
