本書《卑南遺址發掘1986~1989》是繼2004年底正式出版的《卑南考古發掘1980~1982》之後，在臺大校方補助下，將1986年至1989年間卑南遺址各期次發掘及初步整理的相關工作成果報各儘快重新彙整編輯而成。1986~1989年間臺大考古隊，在卑南新站鐵路用地內的卑南遺址進行第9~13次遺址搶救發掘，由於已有先前八次的遺址發掘工作及對發掘資料的初步整理經驗與認識，加上後來遺址現場的工作條件比先前八次發掘已略有改善，後續進行的這幾次發掘工作也因此比較順利。除了更能掌握、處理發掘出來豐富又多樣的遺址埋藏資料，以順利達成被委託的計畫工作之外，更能協助地方政府與中央政府主管單位劃定一級古蹟的合理保存範圍(參見《卑南考古發掘1980~1982》書後附錄：卑南遺址搶救考古發掘始末)。本系列發掘工作更有效的搶救與採集到發掘範圍內的考古資料，因此這幾次發掘的面積雖然比前八次相對地減少很多，攜帶回本系的考古標本也比之前的少得多，但所收集考古資料，特別是重要的考古系絡資料，卻相對的更多、更扎實。
先前出版的《卑南考古發掘1980~1982》一書中，主要是報告卑南遺址第一次到第八次發掘所認識的遺址推積，與文化層出土的當時社會日常生活所使用工、器具等遺物，並據以復原、討論約五、六千至二千年前新石器時代社會的文化特徵。限於篇幅的關係，報告中並未涵蓋到卑南遺址最特殊的石板棺墓葬資料。這是因為受到時間、人力、人才與經費等條件限制的關係，這一部分的整理研究成果還沒到達可以出版的水準。但自1986年暑期起到1988年底之間所進行的第9~13次搶救發掘的二部發掘工作成果報告，即本書第一部份的《卑南遺址第9~10次發掘工作報告》(1987年7月)及第二部份《卑南遺址第11~13次發掘工作報告》(1988年12月)，兩部報告都完整交代發掘範圍遺址堆積、文化層出土遺物、家屋等建築遺留、墓葬。第三部份則是《臺東縣卑南文化公園考古試掘報告》，這部報告是任務性的委託工作，交代公園區地表及地下堆積狀況、新石器時代遺物、建築遺跡及墓葬等。三部報告都各有結論、引用書目，最後附或未附英文摘要。本書即將上述三報告依時間先後順序合併重新編輯成一本書出版，和先前出版的《卑南考古發掘1980~1982》合起來大致上即能體現卑南遺址十年搶救發掘之完整過程，不僅具有學術代表性，更具有時代紀念的意義，值得各界人士的參考賞鑑。
先前出版的《卑南考古發掘1980~1982》一書中，主要是報告卑南遺址第一次到第八次發掘所認識的遺址推積，與文化層出土的當時社會日常生活所使用工、器具等遺物，並據以復原、討論約五、六千至二千年前新石器時代社會的文化特徵。限於篇幅的關係，報告中並未涵蓋到卑南遺址最特殊的石板棺墓葬資料。這是因為受到時間、人力、人才與經費等條件限制的關係，這一部分的整理研究成果還沒到達可以出版的水準。但自1986年暑期起到1988年底之間所進行的第9~13次搶救發掘的二部發掘工作成果報告，即本書第一部份的《卑南遺址第9~10次發掘工作報告》(1987年7月)及第二部份《卑南遺址第11~13次發掘工作報告》(1988年12月)，兩部報告都完整交代發掘範圍遺址堆積、文化層出土遺物、家屋等建築遺留、墓葬。第三部份則是《臺東縣卑南文化公園考古試掘報告》，這部報告是任務性的委託工作，交代公園區地表及地下堆積狀況、新石器時代遺物、建築遺跡及墓葬等。三部報告都各有結論、引用書目，最後附或未附英文摘要。本書即將上述三報告依時間先後順序合併重新編輯成一本書出版，和先前出版的《卑南考古發掘1980~1982》合起來大致上即能體現卑南遺址十年搶救發掘之完整過程，不僅具有學術代表性，更具有時代紀念的意義，值得各界人士的參考賞鑑。