嵇文甫在思想史方面主要專注于先秦段，以及晚明清初段。明末清初思想研究，嵇文甫是奠基者之一，也影響最大。
《晚明思想史論》，充滿激情，縱橫捭闔，論及佛學的興起，西學東漸等，視野宏闊。附錄《十七世紀中國思想史概論》，兩書合觀，則構成了上自王陽明，中間經過李贄，張居正，劉宗周，雲棲、紫柏、藕益、憨山等四大師，東林黨人，楊慎、方以智，徐光啟、利瑪竇，孫夏峰等，直到黃宗羲、顧炎武、王夫之、顏習齋、唐甄、李二曲、全祖望、毛奇齡、閻若璩等晚明清初群星璀璨的思想提坦時代。包括其思想背景、治學方法、民族思想、哲學思想、歷史思想、政治思想，均一一縷析，創見頻現，引人入勝。
《晚明思想史論》，充滿激情，縱橫捭闔，論及佛學的興起，西學東漸等，視野宏闊。附錄《十七世紀中國思想史概論》，兩書合觀，則構成了上自王陽明，中間經過李贄，張居正，劉宗周，雲棲、紫柏、藕益、憨山等四大師，東林黨人，楊慎、方以智，徐光啟、利瑪竇，孫夏峰等，直到黃宗羲、顧炎武、王夫之、顏習齋、唐甄、李二曲、全祖望、毛奇齡、閻若璩等晚明清初群星璀璨的思想提坦時代。包括其思想背景、治學方法、民族思想、哲學思想、歷史思想、政治思想，均一一縷析，創見頻現，引人入勝。