藉由審神者之力而得以顯現的付喪神‧刀劍男士們，回溯至過去的時代，為打倒妄想改變歷史的時間溯行軍而揮舞自身的刀刃。接收到新的指令：「到慶應四年的江戶，替勝海舟與西鄉隆盛的會談進行戒備」後，第二部隊隨即前往江戶。他們能順利阻止蠢蠢欲動的時間溯行軍嗎？
