方東樹的在思想史上的重要地位，在於在清中葉漢學（考據學）方盛之際，著了《漢學商兌》一書，大力批判清代考據學的內在問題。方東樹代表了在清朝逐漸由盛轉衰，國事日非之際，一種希望學術與道德，學術與社會能相結合的聲音，也因此對於當時非主流的宋代理學作支持及辯護。方東樹認為，漢學家希望以考據的方式來求得聖人之道是不可行的，因為同樣的考據方法常會得出不同的結果來，而這種在書堆中求得出的道理更是不適用於實際事務上。他這種對漢學的強烈批判，雖未立即促成漢學的衰退，但促成了漢學一元壟斷學術界時代的結束。
