本書分為〔導論〕、〔十三篇釋義〕及〔試論孫子思想的要義與盲點〕等三篇。
　〔導論〕部分旨在探討兵學境界、孫子生平、所處時代的政治及思想背景及相關文獻說明等。
　〔十三篇釋義〕則是分篇以思想闡述為經，戰史引證為緯，每篇各附原典及語譯，以利學者檢索。
至於〔試論孫子思想的要義與盲點〕則是打破篇章界限，統合孫子的理念要義，重新架構孫子的思想大系，並調製成表，以探討孫子思想的精義。此外孫子所處的年 代，距今已有二千五百年，隨著時代的變遷與進步，其思想於現代戰爭中，未必全然充足，亦未必可一體適用，本篇亦就其思想在現代戰爭適用上的不足與扞格不入 之處，略為研析。
　基本上孫子思想是延著兩大主題來開展的，一是如何不戰？二是如何戰？另以〈始計〉與〈用間〉兩者貫穿全篇。「如何不戰」是討論如何策不戰之謀，建形於平 時施政之中與創勢於內外環境之上，是其思想的兩翼；是預防戰爭的思想，屬於國家安全的層面，為國家元首的職責。而「如何戰」是討論如何策必勝之謀，以正兵 拘束敵人，以奇兵出奇制勝，是其思想的兩軸；是追求勝利的思想，屬於軍事安全的層面，為將帥的職責。
　因此《孫子兵法》不僅是將軍之書，更是帝王之學。而其兩大主題均需〈始計〉和〈用間〉。至於兩大主題的關係，孫子是以「兵者，國之大事。」為始，以「安 國全軍之道」為終，警惕世人，應先致力於「如何不戰」的追求，求之不得，才能開啟「如何戰」的思索。這是明君所應深思而良將所應警惕之處。