內藤湖南的學問以中國的史學傳承為淵源，其既以劉知幾所謂才學識的兼備為鑽研歷史的素養，又以劉向父子辨彰學術考鏡源流的目錄學為史學的方法，更以章學誠的「獨斷」為史論的根據，而成就通貫中國古今學術之變遷，究極中日文化發展之經緯的文化史學。
其以歷史考證加上說究明中國古代傳說與經傳成立的次第，洞察中國社會文化的兩次重大變化而區分中國歷史為三個時期，以「鹹鹽說」說明中國對日本文化的影響，以「螺旋循環史觀」釐析中日相互影響與發展的關係。
至於應仁之亂是日本文化形成的關鍵，文化中心非唯一的「關西文運論」都有其獨到的見解。再者，明治文明開化的時代風潮和四十年關西的文化生活，要皆內藤史學形成的因素。其既於傳統與現代之間，守成而創新，又在對抗於東京的學問意識下，融合西歐的合理主義、清朝的考證學與江戶時代的文獻主義而樹立以考證為基礎的日本近代中國學。
內藤湖南與狩野直喜或可並稱為京都近代中國學的雙璧，二人不但各有專擅，內藤湖南沈潛於東洋文化史與滿清史的研究，狩野直喜則致力於中國經學、文學與清朝制度史的鑽研，又開啟日本研究敦煌文物的先聲，且能為漢詩文而與當時中國的文人學者酬唱應對。
故其所窮究的是能與中國傳統知識分子比肩的通儒之學。其弟子如神田喜一郎、吉川幸次郎亦能繼承師學，既有堅實的學問素養，成就博學旁通的學問，又能優遊於詩文藝術，發揮京都中國學的學問性格，使京都的中國學得與北京、巴黎分庭抗禮，並列為世界漢學的中心。