本書《卑南遺址發掘1986~1989》是繼2004年底正式出版的《卑南考古發掘1980~1982》之後，在臺大校方補助下，筆者將1986年至1989年間卑南遺址各期次發掘及初步整理的相關工作成果報告儘快重新彙整編輯而成。
在這期間，我們一共在卑南新站鐵路用地內又進行了五次後續的遺址搶救發掘，亦即臺大考古隊的卑南遺址第9~13次發掘，以及最後一次，在當時國家博物館預定地「卑南文化公園」內的考古發掘工作。
每部報告都各包括有完整的章節：序、前言、發掘範圍遺址堆積、文化層出土遺物、家屋等建築遺留、墓葬、結論、引用書目，最後附或未附英文摘要。兩部報告都是已具有一定水準的遺址發掘報告。