佛格斯．克萊恩只是個平凡的小男孩，爸爸不知何故失蹤了，媽媽辛苦在麵包店工作，兩人相依為命；因為沒什麼錢，所以只好上「船上學校」，雖然這所學校的老師都怪怪的！
某天，一個奇怪的小盒子飛到他窗前，裡頭藏了一封信，寄件人宣稱是他已經失去聯絡多年的伯伯。這個神祕飛盒子，以及接下來出現的自動午餐盒，還有不斷提到的警告訊息，讓他開始和神祕伯伯保持聯絡，然後有一天，一隻機械飛馬來到他的窗前……
搭上飛馬，他飛過千山萬水，來到伯伯的祕密基地，看到三隻會說話的企鵝、一隻會複製圖案的疾行蟲，以及──他爸爸生前最後一趟航程的日誌。謎底一一揭曉，老師竟然是海盜，而且他的同班同學正被這群海盜載往神祕島嶼。伯伯雖然警告他不要輕舉妄動，但他還是忍不住出手了。他能從海盜手中救回朋友嗎？他還在那遙遠的島上遇到了什麼人？
